生态校园植物群落，不仅仅追求植物数量越多越好，品种越奇越好，单纯的数量上的优势并不能对整个生态环境改善起到质的作用。野生种群在没有人工养护的情况下已经很好地适应了当地的气候和环境，并与周围的动植物形成了一个复合网络，在这个网络中能量才能得以良性循环。人类的过度干预在一定程度上会对自然生态系统物质能量的正常循环起到破坏性的影响。所以生态校园的植物配置应以整个校园所处的现有区域生态环境的改善为基础，以可持续发展的眼光合理保护和开发利用现有资源。实现这一目标，首先要引入规划思想。
传统的植物配置工作往往是依附于已有建筑环境，以局部的眼光被动的适应环境，而非站在全局的高度去主动改善环境。生态校园建设中的植物配置应走出这一桎梏，引入规划思想。其过程大体可分为三步：首先是“大配置”，是结合校园的总体规划和自然地理特征，在深入调察本地区原有群落，特别是自然状态下的顶级群落的基础上确实合理的基质、斑块及廊道的分布，对景观的发展及其最终的视觉效果和所能发挥的生态效益做出一定的评估。选择一批具有地带特征，适宜区域环境的植物为基调树种，为进一步深入工作打下坚实基础。其次是“小配置”，即在局部区域内根据各斑块与廊道的特点，结合功能分区，通过多层次、多样化的配置来实现小生境的生态平衡。再次是“精配置”，即重要节点的处理，尤其是处于廊道交叉处和视觉焦点处的小空间，通过对乡土植物的挖掘，形成一定的景观特色和文化内涵。
其次应引入更多新的生态技术，例如生态恢复设计的应用。生态恢复设计是目前国际上处于前沿地位的生态技术，其具体含义是通过人工设计和恢复措施，在受干扰的生态系统基础上，恢复或重新建立一个具有自我维持能力的健康的生态系统（包括自然、人工和半自然半人工的生态系统），其遵循的生态学原则主要有：物种共生原理、物质流能量流原理、自我维持和自我调节原理等，同时也考虑到最低养护成本和最高社会效益的结合。与自然和谐共处的最佳途径就是在尽可能少的干预自然、违反自然法则的基础上与其保持亲密接触，生态恢复设计无疑为生态校园建设开辟了一条新路。在实际的施工建设中，力求在提高生物多样性的同时提高景观的丰富性，以合理的植物配置形成人与自然沟通的纽带，创造一个真正的以人为本，充满自然气息的良好校园环境，有效利用高等院校的学科优势，将生产、教学、科研结合起来，营造具有综合效益的新型生态校园景观。